連鎖經營系統大體上包括營運系統，培訓系統，督導系統三個子系統。所謂連鎖經營的標準化就是需要把營運系統形成，包括總部和分部的一致性和標準化;而培訓系統，主要是針對連鎖網絡，利用培訓的方式，進行營運模式、標準的輸出，保持連鎖分部與連鎖企業總部的一致性，迅速實現連鎖單位的復制;督導系統則是依據營運模式、標準，利用專業方法進行監督、控制和評估。這三大系統中營運系統是基礎，培訓系統和督導系統起到規范和控制的作用，是運營系統得以順利運行的保障。
從連鎖企業職能的角度來劃分，連鎖經營工程包括了八個模塊，它們分別是規劃體系，SI體系，評估體系，建店體系，開店體系，運營體系，物流體系和拓展體系。
1.規劃體系：主要是連鎖總部的管理，包括財務、行政，組織結構、人力資源(招聘、培訓、薪酬績效等)， 控制，督導管理等內容。
2.SI體系：店面識別系統，是企業經營行為(Behavior)、經營理念(Mind)、經營哲學(Philosophy)等各種實體性和實用性信息的統一整理，這些信息以品牌商標，店面形象為核心，通過各種可以利用的傳播媒體進行宣傳，并以各種形式對企業內部、社會大眾作完整的傳達，以便獲得企業員工、社會大眾的了解、認同、喜愛和信賴。
3.店址評估體系：一個店面經營成功的第一要素是選址，第二要素還是選址，第三要素仍然是選址。由此可見，選址的重要性。在西方國家，選址被視為開業前所需的三大主要資源之一。這個店址評估體系就是建立一整套的標準來評估一個店址的優劣，由此幫助連鎖企業選址。
4.建店體系：“建店體系”即是解決如何把建店的過程標準化，流程化的問題。
5.物流體系：指商品的采購、倉儲、配送、運輸等相關內容。
6.開店體系：良好的開端是成功的一半。開店體系就是解決如何開店，開店的步驟，開店的流程等問題。
7.運營體系：這是整個連鎖經營的核心，主要是包括店面的經營管理規范，店面營運管理等。連鎖企業門店營運管理的要求，用一句話來概括，就是不折不扣，完整地把連鎖企業總部的目標、計劃和具體要求體現到日常的作業化管理中，實現連鎖經營的統一化。
8.拓展體系：就是我們常講的展店，連鎖經營拓展體系是一個解決如何把連鎖網絡進行延伸的體系。連鎖企業如何擴展，擴展的方式是什么，都是由擴展體系來解決。
連鎖經營作為一種管理標準，需要將上述相關模塊形成標準，方可實現連鎖網絡的不斷復制，如何去實現相關模塊的標準化，就要通過流程的主題思想去梳理，建立起完善的“流水線”。
