《商業特許經營管理條例》第二十五條規定：特許人未依照本條例第八條的規定向商務主管部門備案的，由商務主管部門責令限期備案，處1萬元以上5萬元以下的罰款;逾期仍不備案的，處5萬元以上10萬元以下的罰款，并予以公告。
新修訂并于2012年2月1日施行的《商業特許經營備案管理辦法》也提到，特許人應當在與中國境內的被特許人首次訂立特許經營合同之日起15日內向備案機關申請備案;特許人的備案信息有變化的，應當自變化之日起30日內向備案機關申請變更;特許人應當在每年3月31日前將其上一年度訂立、撤銷、終止、續簽的特許經營合同情況向備案機關報告。第十九條還規定，相關協會組織應當依照本辦法規定，加強行業自律，指導特許人依法備案。
根據上述《商業特許經營管理條例》的規定，特許經營加盟企業不按要求辦理備案，構成行政違法。但是，來自商務部流通業發展司的數據顯示，截止2015年6月17日，全國商業特許經營備案企業僅2671家，也就是說，仍然有大量特許經營加盟企業沒有備案。
已備案企業涉及70多個行業，包括零售、餐飲、酒店管理、汽車維修、教育培訓等，覆蓋全國30個省、自治區、直轄市。 對于大量特許經營加盟企業沒有備案，國家商務部流通業發展司明確指出，備案的性質不是事前審批而是事后監督，也就是說，是否備案不是特許人能否開展特許經營活動的前置性條件。但如特許人(加盟者)不按照要求辦理備案，特許人的行為構成行政違法。
既然不按要求辦理備案，屬于行政違法，為何還有大量的特許經營加盟企業沒有備案?
一方面是因為很多特許經營企業對于特許經營備案要求不清楚，對備案流程不了解，不知道該如何備案;也有一部分原因是《條例》對于特許經營企業的要求比較高，如企業需具備“兩店一年”、“擁有經營資源及成熟的經營模式”等，很多特許經營企業本身不符合備案條件，導致無法備案;此外，有些企業對于特許經營備案的重要性認識不足也是一個重要原因。 《商業特許經營管理條例》、《商業特許經營備案管理辦法》實施已有五年多，但仍有很多特許經營企業未備案，長此以往，不利于我國特許經營市場的規范發展。同時對于企業來說，投資人會對特許人的招商資格和特許經營能力產生質疑，降低企業的公信力，增加訴訟糾紛中敗訴的可能性。
根據我國《商業特許經營管理條例》規定，商業特許經營，是指擁有注冊商標、企業標志、專利、專有技術等經營資源的企業(即特許人)，以合同形式將其擁有的經營資源許可其他經營者(即被特許人)使用，被特許人按照合同約定在統一的經營模式下開展經營，并向特許人支付特許經營費用的經營活動。
商業特許經營備案需要提供給主管部門許多文件資料，稍有差錯就必須重來，是一件很繁瑣的事情。中國特許經營第一同學會特針對會員企業提供特許經營備案服務，詳情請咨詢同學會各外聯主任。
