加盟者向總部交納的加盟費用一般包括以下幾類：
1.加盟金。 也稱為首期特許費，是加盟者在加盟時向總部一次性交納的費用，它包括加盟者有權使用總部開發出來的商標、特殊技術等費用，體現了加盟者加人特許系統所得到的各種好處的價值。這筆費用各個總部都不相同，如日本“7—11”公司加盟金為300萬日元，“Seicomart”公司250萬日元;“吉野家”公司150萬日元;“家庭市場”公司只有50萬日元。
2.保證金。
作為今后交納各項費用及債務的擔保，同時也帶有總部向加盟店所提供商品的預付金性質，數量各公司不等，如 “Seicomart”公司、“家庭市場”公司為250萬日元;“吉野家” 公司75萬日元。合同中止時是否退還，情況也各不相同，依據雙方的合約而定。
3.權利金。
是總部對加盟店進行經營指導而收取的費用，由加盟店按期交納。權利金的計算方法依行業不同而不同，如便利店一般為毛利的30%—50%，快餐店一般為銷售額的5%—10%，出租業按租金收入的6%—8%;小酒館按店鋪面積收取，還有定額包費等。
4.違約金。
如違背合同中規定的義務及禁止事項，按合同規定向受損害的一方交納違約金作為賠償。
5.其他費用。
如店鋪設計及施工費、培訓費、廣告宣傳費、設備租賃費、財務業務費、意外保險費等。
上述費用可以分為加盟店開業前交納的前期加盟費用及開業后運作時交納的后續加盟費用兩大類。前期加盟費用包括了總部招募、評估、培訓、尋找地址等全部費用，在有些情況下，它還包括了特許體系不斷成熟和商譽提高而增加的特許權費用。如何確定前期加盟費用水平，有人認為應盡可能降低前期費用以便加盟者的開辦費用能降至最低;另一些人認為應定得高些，因為前期費用是總部獲得收益的重要來源，這樣總部可以立即獲得大量現金收入和利潤，并解決了業務經營所面臨的問題。其實，特許經營與其他業務一樣，都需要經過一定時期發展才能開始盈利，這一時期大約為3- 5年，總部必須籌備足夠的資金以維持盈利前的經營，所以，想在短期內通過加盟金解決總部資金上的困難是不現實的。一般情況下，前期加盟費用占加盟者全部投資的5%—10%，例如，如果開辦一家特許加盟店的投資是50萬-60萬元，則前期的特許加盟費在2.5萬—6萬元之間，當然，對于那些聲望較高利潤也較高的特許總部來說，這筆費用可能高于5%— 10%。
后續加盟費用是加盟者開業后每隔一定時期都必須支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括總部對加盟店的管理服務費用和廣告費用等。確定固定費用盡管能保持總部的收入水平不致下降，但若考慮到通貨膨脹因素和將來的發展，這種方式還是有很大弊端，且加盟者都不愿接受，因為他們對將來的經營業績沒有把握，擔心所獲利潤會小于加盟費用。而采用按收入的百分比提成，雙方都更容易接受，加盟者很精確地知道他該付多少錢，如何去計算這個數額，且是在有收益的基礎上支付，沒有后顧之憂，另外總部的收益直接與加盟店的業績掛鉤，因而會不遺余力地給予全力支援;而總部也可以從加盟者的業務發展中獲利，并避免了通貨膨脹因素的影響。
