支付對象為非居民企業的，應代扣代繳企業所得稅。根據《企業所得稅法》的規定，非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，應就其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅。特許權使用費所得，按照負擔、支付所得的企業或者機構、場所所在地確定來源地，或者按照負擔、支付所得的個人的住所地確定來源地。所以，非居民企業向境內企業轉讓特許權取得的所得，屬于從中國境內取得的所得，應當向我國繳納企業所得稅。
非居民企業取得特許權使用費，應繳納的企業所得稅實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人，由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或到期應支付的款項中扣繳。中國境內企業和非居民企業簽訂特許權使用費所得有關的合同或協議，如果未按照合同或協議約定的日期支付款項，或者變更、修改合同，或者協議延期支付，但已計入企業當期成本、費用，并在企業所得稅年度納稅申報中稅前扣除的，應在辦理年度納稅申報時，按照稅法有關規定代扣代繳企業所得稅;如果企業到期未支付的所得款項，不是一次性計入當期成本、費用，而是計入相應資產原價或企業籌辦費，在該類資產投入使用或開始生產經營后分期攤入成本、費用，分年度在企業所得稅前扣除的，應在企業計入相關資產的年度代扣代繳企業所得稅。
企業在為非居民企業代扣代繳企業所得稅時應注意，非居民企業的企業所得稅法定稅率為20%，但在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，減按10%的稅率征收。在應納稅所得額的確定上，特許權使用費所得，以收入全額為應納稅所得額，包括非居民企業向支付人收取的全部價款和價外費用。根據《國家稅務總局關于營業稅改征增值稅試點中非居民企業繳納企業所得稅有關問題的公告》(國家稅務總局公告2013年第9號)的規定，在計算非居民企業企業所得稅時，應以不含增值稅的收入全額作為應納稅所得額。
支付對象為外籍個人的，應當扣繳個人所得稅。根據《個人所得稅法》及其實施條例的規定，在中國境內無住所又不居住或者無住所而在境內居住不滿一年的個人，從中國境內取得的所得，應當繳納個人所得稅。許可各種特許權在中國境內使用而取得的所得，不論支付地點是否在中國境內，均為來源于中國境內的所得。因此，境外個人向境內單位或個人許可各種特許權取得的所得應當繳納個人所得稅，且以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
