在市政公用事業或公共工程的特許經營領域，一旦政府成了特許經營的實施主體或特許經營協議的締約者，那么政府特許經營協議是屬于行政合同還是民事合同，對此問題，理論界觀點并不一致。有人認為，政府特許經營協議應該是私法契約;也有人認為是民事契約，還有人將政府特許經營行為分為兩段，前半段的招標與決標行為，涉及到廠商的投標資格及國家資源的充分公平分配問題，公法性質突出，因而是公法行為;而契約的締結、履行等行為，則是私法行為。這種觀點雖有一定道理，但由此而生的法律問題難以解決。因為同一政府特許經營協議，若前階段的招標決標與后階段的締結履行法律性質不同，而適用不同的司法程序、甚至不同的法院來管轄和評價，不但不能從根本上消除人們的認識分歧，而且會引發更大的爭議。
本人認為，政府特許經營實質上是一種特殊的行政許可。首先，政府特許經營協議主體的特定性主要表現為協議主體資格的特定性。政府特許經營協議是在行政主體實施行政管理活動的過程中形成的，其設立、變更和終止，原則上離不開行政主體的活動，合同中有一方為行政機關，另一方為有一定資質的單位或組織而不是普通的自然人或法人，合同雙方主體地位是不平等的。所以，這種協議的主體必然是特定的。我國的政府特許經營在《中華人民共和國行政許可法》中已能找到直接而明確的依據。根據《中華人民共和國行政許可法》第12條第(二)項的規定，“有限自然資源開發利用、公共資源配置以及直接關系公共利益的特定行業的市場準入等，需要賦予特定權利的事項”，可以設定行政許可。為使此項規定得以實現，《中華人民共和國行政許可法》第53條又作了進一步規定，據此，行政主體實施上述事項的行政許可，應當通過招標、拍賣等公平競爭的方式作出決定，具體程序，依照有關法律、行政法規的規定。行政主體按照招標、拍賣程序確定中標人、買受人后，應當作出準予行政許可的決定，并依法向中標人、買受人頒發行政許可證件。行政主體違反此項規定，不采用招標、拍賣方式，或者違反招標、拍賣程序，損害已中標人合法權益的，已中標人可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。
市政公用事業特許經營的客體是涉及國計民生的公用事業，并非一般的投資項目，具有極強的公共性、公益性，對特許經營的投資經營者的選擇及特許經營區域的劃分及確定，屬政府對公共事務的管理，應由政府根據本地實際情況來決定，不宜由人民法院通過民事或者行政審判方式來裁決確定經營者。否則，則構成司法權對行政權的干預。
