1.統一核算，分級管理
由特許經營總部進行統一核算是特許經營企業眾多統一中的核心內容。區域性的特許經營企業，由總部實行統一核算;跨區域且規模較大的特許經營企業，可建立區域性的分總部，負責對本區域內的店鋪進行核算，再由總部對分總部進行核算。
特許經營企業統一核算的主要內容是：對采購貸款進行支付結算;對銷售貸款進行結算;特許經營企業資金的籌集與調配等。
店鋪一般不設專職財務人員，店鋪與總部在同一區域內的，由總部統一辦理納稅登記，就地繳納各種稅款;店鋪與總部分跨不同區域的，則由該區域的分總部或店鋪向當地稅務機關辦理納稅登記，就地繳納各種稅款。
區域分總部應定期向總部匯報該區域各店鋪得經營情況、財務狀況及各項制度執行情況。原則上，特許經營企業在建立時就應實行統一核算，有特殊情況的企業在實行特許經營初期可以分階段、分步驟地逐步進行核算上的統一。
2.票流、物流分開
由于特許經營企業實行總部統一核算，由配送中心統一進貨，統一對門店配送。從流程上看，票流和物流是分開的，這同單店式經營中資金與商品同步運行有著很大的不同，故特許經營企業中財務部門與進貨部門保持緊密的聯系是很重要的。財務部門在支付貨款以前，要對進貨部門轉來的稅票和簽字憑證進行認真核對;在企業財務制度中要規定與付款金額數量相對應的簽字生效權限。
3.資產統一運作，資金統籌使用
特許經營企業經營的關鍵是發揮企業的規模效益，主要體現在一下3個方面。
(1)特許經營企業表面上看是多店鋪的結合，但由于實行了統籌的經營管理，企業的組織化程度大大提高，特別是統一進貨、統一配送，使資產的規模優勢充分發揮出來。
(2)由總部統一核算，實行資金的統籌管理，提高企業資金的使用效率和效益，降低成本、減少費用、增加利潤。
(3)實行資產和資金的統籌調配，統一調劑和融通。總部有權在企業內部對各店鋪的商品、資金和固定資產等進行調動，以達到盤活資產、加快商品和資金周轉、獲取最大的經濟效益的目的。
4.地位平等，利益均衡
特許經營企業利潤的取得是各個部門通力協作共同創造的，各方都應遵循利益均沾、風險共擔、地位平等、協商共事的原則。
