1. 總部盈利模式的設定與募集成本
總部以什么作為收益?加盟費、使用費的算定方法、具體數額究竟是多少?教育培訓費、保證金又該如何征收?這些問題是設計盈利模式時需要解決的，并且決定著特許經營合同書相應條款的設計。
對于多數特許連鎖系統來說，加盟費、使用費是連鎖系統的主要收入。但也有不收取加盟費的總部。這種總部其收入來源肯定也是依靠加盟店的，只是獲利形式不同罷了。
在設計盈利模式時，必須考慮如下三個要素：
(1)對投資額(加盟費、使用費、開業資金及其它費用的合計)加盟者的逆反心理;
(2)被特許人加盟時，必要的初期投資成本及其收益期待;
(3)同行業中其它連鎖總部要求數額的趨向，以及在進行相同水平投資時，所有總部要求數額的動向。
在設定總部盈利模式時，必須考慮的另外一個因素，就是加盟者的募集與特許經營銷售成本。
加盟店的募集實際上就是將特許組合內容銷售給加盟者，這是啟動特許經營體系的先端。計算募集加盟者的營銷成本，需要考慮的費用如下：
(1)依照所選媒體而異的廣告宣傳費;
(2)加盟宣傳資料的設計、印刷費;
(3)人員費用，有中介時的介紹費(通常為加盟費的20%～40%);
(4)加盟店的人員培訓費;
(5)店鋪候選地址的調查、商圈調查費用;
(6)至加盟店正式營業開始時的各種援助、指導費用。
2. 店鋪開發、商圈調查等專有技術的聚集
店鋪開發、商圈調查既是特許總部特許組合要素之一(經營專有技術的組合要素)，也是在特許經營合同中約定的特許人義務項下的主要內容。
對于以店鋪經營為主的總部來說，店鋪開發包括兩方面內容：一是對店鋪候選物件的調查、商圈調查，即使該店址將來不提供給加盟者使用，也可作為直營店、示范店營業地使用;二是對加盟者提供的備選店鋪進行調查、提供投資分析報告。此外，店鋪開發內容還包括店鋪運營必要設備的規格標準的制定以及供應商的選定、內外裝修設計與施工企業選定、標牌制作等項工作。
對于店鋪選址，需要參照總部直營店(示范店)的成功條件，并根據實地調查結果結合經驗進行綜合判斷。必須注意的是，特許人向被特許人提供的投資分析報告，雖然不能成為加盟店營業收入獲得保證的依據，但其對被特許人在選擇是否加盟該系統、是否簽訂特許經營合同會產生巨大影響。因而，如果投資分析報告的調查手段、制作方法、統計與會計評價方法等不科學、沒有合法依據的話，特許人將要承擔信息披露不真實、不準確、不完整的合同締約上的過失責任。一旦加盟店經營發生虧損，并由此引發特許經營合同糾紛，在判斷特許人是否存在締約上過失責任時，調查手段、制作方法、統計與會計評價方法是否具有科學性是衡量的唯一考量標準。
3. 充實教育培訓設施和人員
對被特許人進行教育培訓的目的，是將特許人的經營專有技術傳授給被特許人，并使之掌握運用在加盟店的經營中。在特許經營合同中，教育培訓也是特許人主要義務內容之一。
總部的教育培訓部的職責應當包括兩方面內容：一是總部內部的人才開發、儲備，主要是以培養直營店店長、店鋪運營督導員為中心任務;二是對加盟店開業前的業務培訓和開業后的定期業務培訓，包括特許連鎖系統內導入新技術、新服務時的特別培訓。
4. 制作各類商務及法律文件
總部開始運營后，在特許經營合同簽訂前，即應開始制作各類商務、法律文件。其中，除加盟指南(手冊)外，以經營手冊為代表的商務文件和以特許經營合同為代表的法律文件的編寫，內容龐雜，而且，由于涉及到特許連鎖系統根本性的經營專有技術、經營模式等，制作難度增大。這兩類文書的制作保密性要求較高，如果委托經營顧問或特許經營律師負責完成，對于總部而言，經營顧問或特許經營律師應當設定為“終身制”，選擇前應當慎重考察其專業水平。此外，根據《條例》及《商業特許經營信息披露管理辦法》的要求，在開展加盟募集時必須要向被特許人提供信息披露文件，這個文件的制作工作應與企業內部建立信息披露制度、保密制度同步進行。
