行政救濟是指公民、法人或其他組織認為具體行政行為直接侵害其合法權益，請求有權的國家機關依法對行政違法或行政不當行為實施糾正，并追究其行政責任，以保護行政管理相對方的合法權益。我國目前的行政救濟途徑主要有四種：一是監察救濟。相對人就行政侵權行為向政府系統的行政監察部門申訴請求救濟。這種救濟途徑，相對人只能就行政違法、侵權的行政工作人員請求為之一定處理，如行政紀律處分監察機關同樣不能直接撤銷、變更一個具體行政行為也不能裁決予以賠償，此種救濟屬于行政系統內部的救濟。二是立法救濟。相對人就行政機關及其工作人員的行政侵權行為向人民代表大會申訴請求救濟，但是權力機關對行政機關的監督只限于重大決策和立法活動，是對抽象行政行為的監督，對具體行政行為的監督較少。對于行政機關的重大行政政策的失誤，或立法與憲法、法律抵觸可以撤銷或改變，或責令行政機關承擔相應的政治責任。對于具體行政行為違法或不當造成的損害相對人一般只能采用其他救濟途徑請求救濟。三是復議救濟。行政復議救濟是指相對人認為行政機關的具體行政行為侵犯其合法權益，向作出具體行政行為的上一級行政機關或其設置的專門機構申訴請求救濟。復議救濟是功能較完備的救濟途徑。復議機關在查明事實、判明責任的基礎上，可以撤銷一個違法的具體行政行為，使其違法行為效力消滅，恢復相對人的合法權益;可以變更一個不當的行政行為，使相對人獲得合理的權益或消除相對人所承擔的不合理的義務，使具體行政行為對相對人的影響恢復正常;可以責令行政機關就損害后進行經濟賠償使相對人的物質損失或精神損害獲得補救。四是訴訟救濟。訴訟救濟是指相對人認為行政機關的具體行政行為侵犯其合法權益向人民法院提起訴訟，由人民法院對被訴具體行政行為進行審查，使違法行為予以撤銷、造成損害者獲得賠償的救濟途徑。法院可以運用諸多的救濟手段使相對人受到損害的權益得到恢復和補救，如判決撤銷違法的行政行為，判決變更不當的行政行為，判令行政機關行政機關履行法定職責和判令行政機關予以賠償等。
《商業特許經營管理條例》三十條規定：“商務主管部門的工作人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊，構成犯罪的，依法追究刑事責任;尚不構成犯罪的，依法給予處分。”由此可見，特許人可以就商業特許經營備案侵權行為向商務主管部門申訴請求救濟。另外，商務部備案管理網站(txjy.syggs.mofcom.gov.cn)中也設立了投訴欄目，特許人可以通過該網站對商務行政機關的工作人員在備案過程中濫用職權的行為進行投訴，要求商務主管部門對備案人員的違規行為進行處分。如果商務行政管理機關的工作人員在備案過程中徇私舞弊的行為構成犯罪的，還可以向司法機關告發，由司法機關追究其刑事責任。
我國的《行政復議法》第六條規定了公民、法人或者其他組織可以依照本法申請行政復議的十一種情形，并以兜底條款的形式規定了“認為行政機關的其他具體行政行為侵犯其合法權益的”情形。備案是商務主管部門行使行政監管權力、對特許人做出備案公告的單方行為，當然也是一種可以申請行政復議的具體行政行為，因此，特許人對省級商務主管部門的具體備案行政行為不服的，由申請人選擇，可以向該部門的本級人民政府申請行政復議，也可以向上國務院商務主管部門申請行政復議。對國務院商務主管部門的具體行政行為不服的，可以向國務院申請復議。
我國《行政訴訟法》第二章規定了行政訴訟的受案范圍：“一、對拘留、罰款、吊銷許可證和執照、責令停產停業、沒收財物等行政處罰不服的;二、對限制人身自由或者對財產的查封、扣押、凍結等行政強制措施不服的;三、認為行政機關侵犯法律規定的經營自主權的;四、認為符合法定條件申請行政機關頒發許可證和執照，行政機關拒絕頒發或者不予答復的;五、申請行政機關履行保護人身權、財產權的法定職責，行政機關拒絕履行或者不予答復的;六、認為行政機關沒有依法發給撫恤金的;七、認為行政機關違法要求履行義務的;八、認為行政機關侵犯其他人身權、財產權的。”商業特許經營備案不屬于以上情形，在我國無論在立法上還是在司法實踐過程中，都沒有賦予商業特許經營備案的訴訟救濟權利。《商業特許經營管理條例》規定了特許經營備案屬于強制性備案，對于特許人的義務規定重大，而訴訟救濟是所有行政救濟中最有力的途徑，備案相對人確不能通過提起行政訴訟維護自己的權益，造成特許人權利義務的不對等。
綜上所述，特許人在向商務主管部門備案時享有申訴、復議的權利，采取的方式多種多樣，可以采取網上投訴、也可以采取郵寄材料、單面投訴，同時還可以向法定行政管理機關申請復議，總體來說，特許人的備案權利是有保障的，特許人應加強自身對條例的學習，了解備案制度，在符合法律法規的前提下，維護企業的合法權益。
