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從特許經營的法律特征可以看出，因特許經營模式可能涉及作為經營資源的知識產權的許可或特許產品銷售、促銷等內容，故經常與知識產權許可合同、銷售代理合同、買賣合同混淆。

1. 特許經營合同與知識產權許可合同的區別

知識產權許可合同是指知識產權人將其擁有的知識產權許可他人使用的合同，包括獨占許可使用合同、排他許可使用合同和一般許可使用合同。

特許經營合同與知識產權合同最主要區別在于：特許經營合同的履行需要依照統一的經營模式進行，而知識產權使用許可合同的履行不存在統一的經營模式【參考案例：如(2016)最高法民申3368號一案】。

2. 特許經營合同與銷售代理合同的區別

銷售代理合同并非《合同法》所規定的一種合同類型，一般是指銷售/代理商基于合同約定就附有某一制造商的特定商品進行持續性地買入再賣出，或者受委托代為經銷某產品，因此同時兼具買賣合同與委托合同關系。

相比于特許經營合同，兩者的主要區別在于：

(1) 經營目的不同

特許人開展特許經營活動的最核心目的在于提高品牌知名度，并實現融資或“低投入擴張”，而在銷售代理活動中，其重點在于提高產品的銷量。

(2) 許可內容不同

特許經營合同許可內容為經營資源和經營模式的許可使用，而銷售代理合同并不涉及相關經營資源和經營模式的許可使用。

(3) 承擔的法律風險不同

在特許經營活動中，被特許人應自行承擔其經營結果、風險與法律責任。而在銷售代理活動中，銷售商基本上不承擔經營風險、法律責任等。

(4) 支付的費用不同

特許經營合同中的被特許人需要支付經營資源的使用費，而銷售代理合同中銷售商支付的是商品的價金。

3. 特許經營合同與買賣合同的區分

買賣合同是指出賣人轉移標的物所有權于買受人，買受人支付價款的合同。

買賣合同與特許經營合同最大的區別也在于，買賣合同不涉及經營模式及經營資源的許可使用，且買賣合同支付的是買賣標的物的對價，而不是特許經營使用費。