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特許經(jīng)營與行政許可的關(guān)系直接牽涉特許權(quán)是否是一種行政許可，特許經(jīng)營合同是否是行政合同。關(guān)于特許權(quán)和特許經(jīng)營合同的性質(zhì)，一直存在私法和公法性質(zhì)的理論之爭，至今理論上尚無定論。但實踐中，由于新修訂的《行政訴訟法》以及最高人民法院公布的《關(guān)于適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》明確將特許經(jīng)營協(xié)議納入行政協(xié)議的范圍，特許經(jīng)營協(xié)議的公法性質(zhì)恐怕沒那么容易改變。

在特許經(jīng)營協(xié)議列入行政協(xié)議范圍的前提下，特許經(jīng)營權(quán)被認為是一種行政許可權(quán)也在所難免。《行政許可法》第12條第(2)項提到的“公共資源配置以及直接關(guān)系公共利益的特定行業(yè)的市場準(zhǔn)入等，需要賦予特定權(quán)利的事項”即被認為是政府特許經(jīng)營項下的特許事項。人大法工委《行政許可法釋義》明確說明：“專營權(quán)利的賦予，即特定行業(yè)的市場準(zhǔn)入，主要是公用事業(yè)服務(wù)等行業(yè)，如自來水、煤氣、電力、電信、郵政等與人民群眾日常生活、公共利益密切相關(guān)的行業(yè)。這些行業(yè)由于其整體性和統(tǒng)一性的特點，無法放開競爭，放開競爭容易影響其服務(wù)效能。因此，進入這些行業(yè)要實行準(zhǔn)入制度，要設(shè)定比較高的門檻，以使進入者能為公眾提供優(yōu)質(zhì)服務(wù)。”

盡管特許經(jīng)營權(quán)被認為是行政許可的一種，但特許經(jīng)營和行政許可存在重大區(qū)別，在理論和實務(wù)中，似乎更應(yīng)該遵循民法的原則和精神處理特許經(jīng)營權(quán)的相關(guān)問題。

(1)行政許可系政府基于公民、法人或其他組織申請，經(jīng)審查，準(zhǔn)予其從事特定活動的行為。而特許經(jīng)營是政府將本應(yīng)由其行使的公共事務(wù)管理職能通過特許方式轉(zhuǎn)移給社會資本行使，因此，更多的時侯是政府先發(fā)起特許項目，由社會資本選擇是否參與，更體現(xiàn)了雙方的平等性。

(2)行政許可下，被許可方從政府取得從事某種活動的權(quán)利并不需要支付對價，有些行政許可(例如探礦權(quán))雖然要求被許可方履行一定義務(wù)，但該類義務(wù)通常是維持行政許可的最低義務(wù)。而特許經(jīng)營下往往要求被特許方承擔(dān)一定投資義務(wù)作為獲取特許經(jīng)營權(quán)的對價。

(3)行政許可下，行政許可權(quán)的授予不存在談判的余地，基本屬于政府的單方面決定事項。而特許經(jīng)營的安排則通常是政府和社會資本談判的結(jié)果。

(4)行政許可項下通常不需要政府和被許可方簽訂合同，但特許經(jīng)營要求政府和社會資本簽訂特許經(jīng)營合同，通過合同規(guī)范特許權(quán)的具體實施事項。